1991 жылдан бастап білім беру саласындағы мемлекеттік саясат білім беру жүйесін сапалық жағынан жақсарту мақсатын қойды. Осы аралықта білім беруді басқару мен қаржыландырудың құқықтық-заңнамалық базасы қалыптасты. Қазақстанда жоғары білім беру саласын реформалау 1995 жылдан бастап қарқынды жүрді.
Тәуелсіз Қазақстанның білім беру жүйесінің кезеңдері:
1991-1994 жж. – жоғары білімнің заңнамалық және нормативтік- құқықтық базасының қалыптасуы;
1995-1998 жж. – жоғары білім беру жүйесін және оның мазмұнын жаңарту;
1999-2004 жж. – білім беруді басқару мен қаржыландыру, білім беру ұйымдарына академиялық еркіндік беру;
2005-2010 жж. – "2015 жылға дейінгі Қазақстанның білім беру жүйесін дамыту тұжырымдамасы" негізінде нарықтық экономикаға жоғары білім беру жүйесін бейімдеу;
2011 жылдан қазіргі уақытқа дейін – жаңа кезең, инновациялық дамуға бейімделген, еңбек нарығында бәсекеге қабілетті мамандарды дайындаудың ұлттық моделін қалыптастыру.
Білім алу жүйесінің сатылары
Білім туралы жаңа заңның 8-бабына сәйкес, білім алу жүйесі жеті сатыдан тұрады: мектепке дейінгі, бастауыш, негізгі орта және жалпы орта білім, орта білімнен кейінгі, жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім.
Қазақстанның Болон процесіне жедел кіруі нәтижесінде Қазақстан үш деңгейлі моделге енді: бакалавриат-магистратура-PhD докторантура. Қазіргі кезде докторлық және магистратуралық бағдарламалары үшін кластерлі бастамалар негізінде озық мамандықтардың тізімі анықталған.